El primer cambio destacable en la tributación de los fondos se deriva de la nueva regulación de las ganancias y perdidas patrimoniales, y en particular, de la desaparición de los coeficientes correctores de la inflación.

 La norma establece que la actualización del valor se aplica solo a los inmuebles:

El valor de adquisición a que se refiere el párrafo anterior se actualizará, exclusivamente en el caso de bienes inmuebles, mediante la aplicación de los coeficientes que se establezcan en la correspondiente Ley de Presupuestos Generales del Estado.

Nótese que la medida no solo juega para las plusvalías de los Fondos de Inversión, sino que contempla la generalidad de los casos, salvo las plusvalías derivadas de la transmisión de inmuebles.

Al igual que en la regulación anterior no se contempla el antiguo supuesto de no sujeción para las transmisiones onerosas cuando el importe global de éstas no supere las 500.000 ptas. anuales. No obstante, este supuesto de no sujeción desaparece para la totalidad los incrementos de patrimonio, y no sólo, como hasta ahora, para los que se pongan de manifiesto por las transmisiones o reembolsos de acciones o participaciones representativas del capital o patrimonio de las Instituciones de Inversión Colectiva. En resumidas cuentas, desaparece, con carácter general, este supuesto de no sujeción para todos los supuestos.

En cuanto al tipo de gravamen, se establece que "La base liquidable especial (constituida por ganancias y pérdidas patrimoniales generadas en más de dos años) se gravará con el tipo del 20%.". Este precepto ha sido modificado por la Ley 6/2000, derivada del Real Decreto Ley 3/2000, de 23 de junio. Ahora las ganancias y pérdidas patrimoniales cuyo periodo de generación supere un año, se integran en la base imponible especial del Impuesto, tributando, se entiende las ganancias, al tipo de gravamen del 18%.

Otro cambio a destacar, de la Ley 40/1998, aunque tampoco referido exclusivamente a la tributación de los fondos, sino a la generalidad de los incrementos, es que se diferencian, exclusivamente, dos clases de ganancias; a) a corto plazo (generadas en menos de un año, que forman parte de la base liquidable general y tributan de acuerdo con la escala general) y b) a largo plazo (generadas en más de un año año, que forman parte de la base liquidable especial, tributando al 20%), teniendo en cuenta la nueva regulación establecida en la mencionada Ley 6/2000. Ahora la base imponible general del Impuesto está formada por rendimientos, ganancias y pérdidas patrimoniales, (cuyo periodo de generación sea inferior a un año), y la base imponible especial por ganancias y pérdidas cuyo periodo de generación supere un año.

La medida que adjetiva específicamente la nueva fiscalidad de los fondos es establecimiento de una retención en la fuente del 18%. Esta retención se aplicará en el momento de la enajenación o del reembolso del fondo (nacimiento de la obligación de retener), por las entidades encargadas de realizar el reembolso. (En concordancia con el nuevo tipo de gravamen para ganancias patrimoniales generadas en más de un año del 18%, la retención se ha minorado igualmente, vía Ley 6/2000).

La nueva medida modifica la fecha de pago del impuesto y puede tener un efecto negativo sobre los inversores que vendan sus participaciones a partir de enero de 1999, (momento a partir del que resulta obligatorio practicar la retención), aunque sólo sea por el efecto financiero derivado de anticipar el pago de una parte de las plusvalías obtenidas.

Como es lógico los Fondos de Inversión en Activos del Mercado Monetario (FIAMM), serán los más afectados por esta medida (junto a la desaparición del coeficiente de actualización del valor de adquisición), al estar orientados al corto plazo, mientras que los fondos mixtos y de renta variable resultarán los menos perjudicados.

Para las inversiones realizadas en instituciones de inversión colectiva antes del 31 de diciembre de 1994, se mantienen los coeficientes reductores de las plusvalías. Es decir, en el momento de la venta, se aplican los coeficientes reductores y sobre la plusvalía corregida se aplicará la retención.