Una de las modificaciones más significativas que , a nuestro juicio, ha llevado a cabo el nuevo impuesto es el tratamiento fiscal de la transmisión de elementos patrimoniales afectos dado que las ganancias y pérdidas patrimoniales derivadas de los elementos patrimoniales afectos a actividades económicas dejan de gravarse como un componente de las rentas empresariales, y pasan a tributar integradas con el resto de las ganancias y pérdidas patrimoniales, cuantificándose conforme a las mismas reglas que se aplican en las operaciones realizadas con el resto del patrimonio del contribuyente.

No obstante, se deja la opción al contribuyente de aplicar las normas de diferimiento por reinversión del Impuesto sobre Sociedades que consiste en diferir la tributación en función de los años de amortización del bien, o si no es amortizable en 7 años, con arreglo a lo previsto en el art. 21 de la ley 43/95 del Impuesto sobre Sociedades para la reinversión de beneficios extraordinarios.